A Igreja Menonita teve seu início durante a Reforma do século XVI, no dia 21 de janeiro de 1525. A Reforma colocou novamente em pauta: a Bíblia como autoridade máxima em matéria de fé e prática, a justificação pela fé e o sacerdócio de todos os crentes. Os primeiros organizadores da Igreja Menonita, Conrado Grebel e Félix Manz na Suíça e Menno Simons na Holanda, frisaram a Verdade e o Espírito como características fundamentais da Igreja baseada no Novo Testamento.

Da Reforma do século XVI desenvolveram-se quatro grandes ramos novos da igreja: a Igreja Luterana, a Igreja Reformada (no Brasil conhecida como Presbiteriana), a Igreja da Inglaterra (Anglicana) e os Anabatistas dos quais surge a Igreja Menonita.

A Igreja da Inglaterra conservou muito das formas exteriores e do ritual da Igreja Romana, ao mesmo tempo que desenvolveu a doutrina bíblica da salvação pela graça por meio da fé. Os luteranos da Alemanha e dos países Escandinavos foram mais longe no seu programa de reforma, dando mais ênfase a justificação pela fé e separando-se mais completamente de Roma. Os Reformadores da Suíça, França, Holanda e Escócia insistiram ainda mais radicalmente do que os luteranos, para eliminar toas as formas romanas de adoração. E, o propósito dos anabatistas preocupados com reformas ainda mais radicais, foi voltar a Igreja Apostólica para obter seus padrões, rejeitado inteiramente não apenas o corpo da tradição eclesiástica, mas também todo o sistema da Igreja Oficial unida com o Estado, assim como o batismo ministrado as crianças.